Den islandske hesten ble brakt til Island da nordmenn fra Vestlandet og Nord-Norge fra år 874 og framover utvandret i stor stil. Islandshesten nedstammer altså hovedsakelig fra en norsk hesterase, og rasen har siden holdt seg ren ettersom Island som øya er isolert fra resten av Europa. Islandshestens forfedre er fjernt den mongolske Przewalski-hesten, og nært de norske Fjording og Nordlandshest/lyngshest Det er delte meninger om hvorvidt Shetlandsponni har bidratt til rasen for tusen år siden.

Det var på grunn av de vanskelige levevilkårene at denne hesten utviklet seg til å bli så hardfør. Naturkatastrofer har i århundrer nesten klart å ta knekken på bestanden, og i 1780 var det et stort vulkanutbrudd på øya. Bare 8400 hester overlevde, men allerede i 1804 hadde bestanden tatt seg opp til 26 000 hester igjen.

Antagelig skjedde ikke import av hester til Island etter 1200-tallet. Det eneste unntaket er et isolert og mislykket eksperiment på begynnelsen av 1900-tallet av en norsk fjording. Det er en oppfatning om at islendingene vedtok ved lov et forbud av import av hester, antagelig en gang på 1200-tallet, men det finnes intet dokument som beviser dette. Den eneste loven som kan bevises på forbud av import går tilbake til 1882. Grunnen var å bevare rasen ren og fri for sykdommer. Denne loven eksisterer fremdeles, og islandshester som blir eksportert fra Island, kan aldri vende tilbake. Det vil si at de som deltar i konkurranser i utlandet, for eksempel EM og VM, aldri kan ta med hesten sin tilbake til Island